Malgrat l'antiguitat de Sant Joan d'Alacant com una de les alquerías islàmiques de l'horta d'Alacant, al costat de Benimagrell i Lloixa no trobem documentació pràcticament fins al segle XIV. Ens expliquen els primers historiadors que la repoblació cristiana va fer que la parròquia establerta en Benialí, antic nom de Sant Joan, anés posada sota l'advocación de Sant Joan Baptista des de dates molt primerenques.
.

El títol d'Universitat va ser concedit en 1593 i es va acompanyar dels primers intents segregacionistes, amb un amollonament que coincideix gairebé amb l'actual. Es donaria començament així mateix als plets amb Alacant per la tinença del lloc de Santa Faç. En 1614 Sant Joan i Benimagrell van sol·licitar tornar a ser part de la ciutat d'Alacant i no va ser fins a finals del segle XVIII (o principis del XIX segons els autors) quan la denominada Universida de Sant Joan i Benimagrell va aconseguir segregar-se d'Alacant i establir un ajuntament propi. Posteriorment el nostre municipi va sofrir els avatars de la Guerra de la Independència en ser assetjada la ciutat d'Alacant per les tropes franceses, que al no poder prendre la capital, van arrasar amb l'horta. Tots aquests motius van provocar un minvament considerable en el volum de documentació conservat a Sant Joan.
 

 

 

 

La documentació sempre està vinculada, al llarg de la història, a la institució que la produeix. Tenim constacia, gràcies al cronista Bendicho, que en el temps en què Sant Joan i Benimagrell es van segregar d'Alacant la documentació generada va estar guardada a l'incipient ajuntament, sent lliurada a Alacant en 1614 amb la pèrdua de la independència. Aquesta documentació no tornaria mai a Sant Joan. Per una ressenya incluída en el Memorial que segueix la universitat de Sant Joan i Benimagrell, amb la ciutat d'Alacant i el fiscal de S. M., sobre segregació d'aquesta Universitat…(AHN, Consells, Lligall 22.807) sabem que en el període que va de 1619 a 1734, es va construir a Sant Joan un ajuntament amb carcel i arxiu, denotant la importància que per als nostres avantpassats tenia la conservació dels seus documents com a garants dels seus drets.
 

 

 

 

El document més antic, que ens parla també d'un ajuntament plenament propi, data de 1847, el Llibre-registre de Passaports, però les sèries més completes de documentació no comencen fins a 1870 aproximadament. En 1885 va ser atorgat a Sant Joan el títol de Vila. Llibres d'actes, padrons i llestes cobratòries d'impostos i la documentació relativa a les Cinquenes són les sèries millor representades del segle XIX. I és just a la fi del XIX quan comencem a tenir notícies del que seria l'arxiu municipal. Conservem en esborrany un inventari de documents elaborat pel secretari sortint en 1895, en ell es recull tota la documentació ordenada per matèries i cronològicament, des de 1851 a 1896. I ja a la meitat del segle XX un altre inventari d'iguals característiques abasta dates de 1868 a 1950.

La ubicació dels documents no va anar sempre la mateixa, fet que sens dubte ha contribuït negativament en la seva conservació. La falta d'espai a la Casa Consistorial va fer que es guardessin bastants lligalls en dependències del Mercat Municipal, edificat en la dècada de 1960, així com en locals del carrer Manuel Amorós. En els anys 90 es va començar a prendre consciència de la importància de tenir els documents en millors condicions i van ser traslladats en part als soterranis de la Casa de la Cultura, on en ocasions van arribar en lamentable estat de conservació segons ens explica el cronista de la vila Isidro Buades.
 

Caldria esperar a l'any 2000 perquè comencessin els treballs de recuperació de l'arxiu, seguint criteris arxivístics, per part de Carolina Pérez Alemañ, Noelia Marcos Fuster i Jorge Payá Sellés, sent aquest últim reponsable dels treballs d'organització, posada en servei i difusió fins a febrer de 2013.
 

En 2009 començarien les obres de l'actual edifici Centre Cultural al que entre 2010 i 2011 va ser traslladada la documentació, comptant amb tota una planta destinada a arxiu amb dipòsits, zones de treball, consulta i difusió dels fons. L'AMSJA, adherit al Sistema Valencià d'Arxius en Xarxa (SAVEX) i acollit a l'assessorament tècnic del Pla d'Ajuda a Arxius Municipals de la Diputació, és la base del sistema de gestió documental municipal